Başbakanlığa bağlı bir başka müsteşarlık da Gümrük Müsteşarlığı'dır. Gümrük politikasını hazırlamak ve uygulamak, gümrük tarifelerinin belirlenmesine hazırlık yapmak, gümrük denetimlerini yapmak gibi görevlerle yükümlüdür. Bu görevleri arasında özellikle gümrük tarifelerinin yapılması ve uygulanması ekonomi politikasının önemli bir aracını oluşturur. O nedenle bir bütün­sellik oluşturması gereken ekonomi politikasının hazırlanıp uygulanmasında Gümrük Müsteşarlığı'nın da rol alması gerekmek­tedir.

 Her ne kadar günümüzde WTO (Dünya Ticaret örgütü) gi­bi düzenleyici kurumlar ve Avrupa Birliği gibi bölgesel birlik­ler söz konusu olduğu için gümrük tarifelerinin bağımsız yapıl­ması mümkün olmasa da özellikle tarife dışı engeller gibi ekonomi politikasına baz oluşturacak uygulamalar açısından Gümrük Müsteşarlığının, ekonomi politikası hazırlanmasında işin içinde olması zorunluluğu vardır.